Cinsiyet geçiş ameliyatı günü hazırlıklar ve operasyon işlemi bittikten sonra psikolojik olarak zaten kendisini hazırlamış olan birey iyileşme sürecini sabırla beklemelidir. Ameliyat olunan bölgenin ağrıması olağandır ve hekimler ağrı kesiciler ile bu ağrıları giderebilirler.

Bir ameliyattan söz edildiği zaman her zaman risk vardır. Cinsiyet geçiş ameliyatları aşamalı olarak anestezi altında yapıldığı için beklenmedik sonuçlar ortaya çıkabilir, riskler gelişebilir ve yan etkiler görülebilir.

Her ameliyat sonrası enfeksiyon riski vardır. Önemli olan ameliyat öncesi ve sonrası hijyen kurallarına uyulmasıdır. Ameliyatta steril malzemeler kullanılması, ameliyat sonrası kişisel ve hijyenik temizlik yapılması son derece önemlidir. Doktorlar tarafından herhangi bir enfeksiyona karşı antibiyotikler verilmektedir.

Genel anestezi altında gerçekleştirilen her cerrahi girişim gibi cinsiyet değiştirme ameliyatlarının da çeşitli riskleri vardır. Bu potansiyel risklerin en önemlisi enfeksiyon riskidir. Enfeksiyon riskini azaltmanın tek yolu ameliyathane ortamının tamamen sterilize edilmesi ve hastanın ameliyattan sonra kişisel hijyenine tam uyumundan emin olunmasıdır.

Ödem oluşumu da sık görülen komplikasyonlardandır. Ödem oluşumu ameliyatı gerçekleştiren hekimlerin uygulayacakları tedavilerle kısa sürede düzeltilebilir.

Başka bir komplikasyon ise bazı dokularda işlev kaybı veya kısıtlılıktır. Bilhassa, kişinin bir vücut bölgesinin oluşturulması için farklı bir bölgedeki organlarından doku alınması bu gibi komplikasyonlara yol açabilir. Belli bir zamandan sonra bu tür kayıplar ve kısıtlar ortadan kaybolacaktır.

Cinsiyet değiştirme ameliyatlarından sonra cinsel ilişkiden hekim tarafından belirtilen bir süre boyunca kaçınılmalıdır, fiziksel aktivitede aşırıya kaçılmamalıdır, hastane sonrası ilaç tedavisine ise ara verilmeden uyulmalıdır.